目前，存在的问题主要是对丽江旅游及其相关产业税收的统计口径难以统一。由于税种较多，影响税收的因素较为复杂，加之税务部门与旅游、统计、发改委、经贸委等相关部门统计口径不一致，致使许多统计数据存在差异，反映在税收收入上差距较大。
税收征管给旅游业带来不便的情况依然存在。由填开式发票改为定额发票后，税务机关管理发票比原来容易，但给纳税人带来很大不便。主要表现在定额发票的面额值较小（最大仅为500元），给旅行社外出收款造成携带不便，容易丢失和纳税人纳税麻烦等情况。
为了解决旅游企业间的三角债和恶性竞争问题，丽江市旅游局对各酒店根据星级加入相应行业协会并实行统一定价管理。但在旅行社加入“一卡通”结算系统的情况下，为了保证入住率，酒店就采取先从旅行社取得全款，待“一卡通”划入款项后才向旅行社支付回扣。月末计提税款时，酒店按照扣除返款后的余额纳税，出现了少缴税款的现象。同时，通过“一卡通”结算，致使各旅游企业都以银行进账单做为记账凭证，导致多数旅游企业成本费用核算存在大量水分和少缴税款的情况。
对此，有关人士提出如下建议：
制定统一、规范的旅游及其相关产业税收统计口径，并将其纳入丽江的重点税源进行管理。针对丽江旅游对税收收入的贡献和影响，应在全市范围内对旅游业进行一次全面的摸底调查，并把对旅游业的税收征管范围由单纯的旅游业扩大到“泛旅游业”范围，摸清旅游业税基，统一口径，为加强旅游税收征管和全市旅游业对社会经济的影响提供科学的依据。
在核实丽江旅游税基的基础上，完善重点税源监控体系，将其纳入重点税源进行管理；强化对旅游税收的经济分析，建立完善定期旅游税收分析制度，建立健全旅游税收分析档案；同时研究建立科学实用的旅游税收预测模型，改进旅游收入预测方法，指导组织旅游收入工作。
进一步加大、完善丽江旅游税收的征管手段和监控体系。不断完善税源监控体系，减少征管漏洞。要加强税务登记，进一步完善纳税申报制度，细化纳税申报流程，强化纳税申报责任。同时通过法律规定，进一步明确有关政府部门向税务机关提供纳税人信息的义务，减少税收征管漏洞。充分运用现代化、信息化技术，进一步拓展税源监控渠道和手段，实行税务、银行、旅行社共建信息平台，加强旅游税收的控管，通过加大税控收款机的推广运用，在各大旅行社、酒店、景点和消费场所通过安装税控装置，掌握旅游收入和回扣情况。加大消费卡、单的使用频率，尽快堵死现金交易暗流。
完善税源监控手段，拓展税源监控新途径。一是实现政府监控向社会监控转移。即改善社会纳税环境和提高纳税人的纳税意识。二是加强会计审核，完善货币资金流转监控、纳税人支出状况监控。通过对纳税人货币资金流转监控和支出状况监控，判断纳税人的纳税意愿和账面行为的真实性，为税务部门全面掌握其信息提供法律保障。三是完善信用等级制度，形成公平和有效的监控机构。同时，要完善征管人员的监察制度，严防税务征管内部监控弱化。
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